市名の由来は天草諸島の上島が合併したことから。
有明海と八代海の間に位置する。気候は年中を通じて温暖。
天草四郎生誕の地と呼ばれ、天草四郎ミュージアムではキリスト教伝来から島原の乱にスポットを当てた展示が行われている。